De la capilla de los Dolores se accede a la Sacristía de los Cálices, recinto donde se expone una selección de las mejores pinturas que posee la Catedral. Destacan las cuatro grandes tablas que originariamente figuraron en la viga que estuvo sobre la capilla mayor de la Catedral.
Fueron realizadas entre 1508 y 1512 por Alejo Fernández y representan El abrazo de San Joaquín y Santa Ana, El nacimiento de la Virgen, La Adoración de los Reyes y La Presentación del Niño en el Templo. En el ultimo tramo de este muro de la izquierda figura una gran tabla, que en este caso representa a San Pedro y que pudiera ser la que en 1528 realizó para la Catedral el pintor Pedro Fernández de Guadalupe.
Otra obra singular que encontramos en este lugar es el cuadro de Santa Justa y Rufina de Goya. La obra aparece firmada en el ángulo inferior izquierdo, en un papel pintado con la inscripción “Francisco de Goya y Lucientes. Cesar- / augustano y Primer pintor de cámara / del Rey. Madrid, año de 1817” y el 14 de enero de 1818 el cuadro fue entregado.
Esta sacristía es de planta rectangular y cubierta con bóveda de nervaduras góticas ; se tiene noticia desde el inicio de su construcción en 1509 cuando estaba al frente de las obras el arquitecto Alonso Rodríguez.